重点实验室前身为南京医科大学口腔医学院组织工程实验室，2004年更名为“南京医科大学口腔医学研究所”，2011年被列为“南京医科大学口腔疾病研究重点实验室”，2014年获批“江苏省口腔疾病研究重点实验室”，2020年在江苏省教育厅验收评估中获评优秀，2023年重组升级为“口腔疾病研究与防治国家级重点实验室培育建设点”。是目前省内首家规模较大、水平较高、开展项目较全的口腔医学研究基地，以及唯一一家口腔领域的国家级重点实验室培育建设点。

实验室规划建设空间3200平米，设有口腔微生物学、口腔组织工程学、口腔分子生物学、口腔材料学、分子流行病学、口腔影像学等多个科研主题实验专区，下设免疫与单细胞组学平台、光学影像平台、发育实验平台、病理平台及组织样本库等多个共享研究平台，并有国内外先进的精密仪器设备，总值超过5000万元，可开展各类口腔医学研究项目。